בעקבות הנחיות משרד הבריאות נתקלו חוקרים במקרים שבהם לא ניתן היה לקדם את ההליכים, בעיקר אם החשוד חולה או שוהה בבידוד. המהלך להשארת החשודים במעצר עד השלמת החקירה אושר כתקנות לשעת חירום, אך בשל הפגיעה בזכויות אדם מבקשת הממשלה לאשרה כהוראת שעה לשלושה חודשים
משרד המשפטים רוצה לאפשר לשופטים להאריך מעצר של חשודים, גם אם לא ניתן לקדם את חקירתם בשל מגיפת הקורונה. בנוסף, ניתן יהיה למנוע מפגש של חשודים בעבירות ביטחוניות עם עורך דין ל-14 ימים, בנוסף ל-21 הימים שהחוק מאפשר כיום. תזכיר החוק בעניין הופץ הבוקר (שני) להערות הציבור.
על פי החוק הקיים, בכל הארכת מעצר צריכים החוקרים לנמק בפני השופט אילו פעולות חקירה טרם נעשו, ומדוע יש הכרח להשאיר את החשוד במעצר עד לסיומן. למשל, אם בכוונת המשטרה להכניס מדובב לתאו של החשוד, בוודאי שעליו להיות במעצר.
בשל הנחיות משרד הבריאות, נתקלו ברשויות החוקרות במקרים בהם לא ניתן לקדם את החקירה, בעיקר משום שלא ניתן לערוך חקירה פרונטאלית של החשוד אם הוא חולה או שעליו לשהות בבידוד. בשל כך מבקשים כעת במשרד המשפטים לאפשר לשופטים להורות על השארת חשודים במעצר עד שניתן יהיה להשלים את החקירה. השופטים יצטרכו לשקול את חומרת העבירה, את משך הזמן של הארכת המעצר המבוקש, ואת הפגיעה בחשוד. בנוסף, כאמור, יוסמכו בתי משפט ובתי המשפט הצבאיים לאשר הארכה דומה של מניעת מפגש בין חשודים בעבירות ביטחון לעורכי דינם – עד לתקופה של חמישה שבועות.